Difference between revisions of "Biocluster Applications"

From Carl R. Woese Institute for Genomic Biology - University of Illinois Urbana-Champaign
Jump to navigation Jump to search
m (Dslater moved page Biocluster Apps to Biocluster Applications without leaving a redirect)
Line 4: Line 4:
 
!Version
 
!Version
 
|-
 
|-
−
|454
+
|
−
|2.6
+
|
 
|-
 
|-
−
|454
+
|
−
|2.7
+
|
 
|-
 
|-
−
|454
+
|
−
|2.8
+
|
 
|-
 
|-
−
|AbundantOTU+
+
|
−
|0.91b
+
|
 
|-
 
|-
−
|abyss
+
|
−
|1.2.5
+
|
 
|-
 
|-
−
|abyss
+
|
−
|1.3.3
+
|
 
|-
 
|-
−
|abyss
+
|
−
|1.3.4
+
|
 
|-
 
|-
−
|afni
+
|
−
|2011_12_21_2014
+
|
 
|-
 
|-
−
|allpathslg
+
|
−
|42911
+
|
 
|-
 
|-
−
|amos
+
|
−
|3.1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|AmpliconNoise
+
|
−
|1.2.7
+
|
 
|-
 
|-
−
|art
+
|
−
|20110922
+
|
 
|-
 
|-
−
|artemis
+
|
−
|14.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|augustus
+
|
−
|2.6.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|b2g4pipe
+
|
−
|2.5
+
|
 
|-
 
|-
−
|babraham
+
|
−
|bioinformatics
+
|
 
|-
 
|-
−
|bali-phy
+
|
−
|2.1.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|bam2fastq
+
|
−
|1.1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|bamtools
+
|
−
|0.9.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|bcbio-nextgen
+
|
−
|0.6.5
+
|
 
|-
 
|-
−
|bedtools
+
|
−
|2.10.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|bedtools
+
|
−
|2.10.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|bedtools
+
|
−
|2.17.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|biodatabase
+
|
−
|1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|biopieces
+
|
−
|0.48
+
|
 
|-
 
|-
−
|blast+
+
|
−
|2.2.25+
+
|
 
|-
 
|-
−
|blast+
+
|
−
|2.2.28+
+
|
 
|-
 
|-
−
|blast-intel
+
|
−
|2.2.26
+
|
 
|-
 
|-
−
|blast
+
|
−
|2.2.25
+
|
 
|-
 
|-
−
|blast
+
|
−
|2.2.26
+
|
 
|-
 
|-
−
|blast2go
+
|
−
|2.5
+
|
 
|-
 
|-
−
|blat
+
|
−
|0.34
+
|
 
|-
 
|-
−
|boost-intel
+
|
−
|1.54
+
|
 
|-
 
|-
−
|boost
+
|
−
|1.54
+
|
 
|-
 
|-
−
|bowtie
+
|
−
|0.12.8
+
|
 
|-
 
|-
−
|bowtie
+
|
−
|0.12.9
+
|
 
|-
 
|-
−
|bowtie
+
|
−
|1.0.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|bowtie2
+
|
−
|2.0.0-beta6
+
|
 
|-
 
|-
−
|bowtie2
+
|
−
|2.0.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|bowtie2
+
|
−
|2.0.5
+
|
 
|-
 
|-
−
|bowtie2
+
|
−
|2.1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|breseq
+
|
−
|0.24
+
|
 
|-
 
|-
−
|bwa
+
|
−
|0.5.9
+
|
 
|-
 
|-
−
|bwa
+
|
−
|0.7.5a
+
|
 
|-
 
|-
−
|cafe
+
|
−
|2.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|cafe
+
|
−
|3.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|casava
+
|
−
|1.8.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|cd-hit
+
|
−
|4.6
+
|
 
|-
 
|-
−
|cd-hit
+
|
−
|4.6.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|cdbfasta
+
|
−
|0.99
+
|
 
|-
 
|-
−
|cegma
+
|
−
|v2.4.010312
+
|
 
|-
 
|-
−
|chance
+
|
−
|1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|chimera
+
|
−
|1.5.3
+
|
 
|-
 
|-
−
|chimera
+
|
−
|1.6.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|cisgenome
+
|
−
|2.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|ClonalFrame
+
|
−
|1.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|clustalo
+
|
−
|1.2.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|clustalw
+
|
−
|2.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|cufflinks
+
|
−
|1.1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|cufflinks
+
|
−
|1.3.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|cufflinks
+
|
−
|2.0.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|cufflinks
+
|
−
|2.1.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|cutadapt
+
|
−
|1.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|cytoscape
+
|
−
|2.8.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|cytoscape
+
|
−
|2.8.3
+
|
 
|-
 
|-
−
|EagleView
+
|
−
|2.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|efiest
+
|
−
|alpha
+
|
 
|-
 
|-
−
|efiest
+
|
−
|devel
+
|
 
|-
 
|-
−
|EMBOSS
+
|
−
|6.5.7
+
|
 
|-
 
|-
−
|erange
+
|
−
|3.2.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|estscan
+
|
−
|3.0.3
+
|
 
|-
 
|-
−
|fasta
+
|
−
|36.3.5d
+
|
 
|-
 
|-
−
|fasta_splitter
+
|
−
|1
+
|
 
|-
 
|-
−
|fastqc
+
|
−
|0.10.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|fastsimcoal2
+
|
−
|1.1.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|fasttree
+
|
−
|2.1.7
+
|
 
|-
 
|-
−
|fastx_toolkit
+
|
−
|0.0.13
+
|
 
|-
 
|-
−
|findpeaks
+
|
−
|3.1.9.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|freebayes
+
|
−
|0.9.6
+
|
 
|-
 
|-
−
|gatk
+
|
−
|1.6-5
+
|
 
|-
 
|-
−
|gatk
+
|
−
|1.6-13
+
|
 
|-
 
|-
−
|gatk
+
|
−
|2.5-2
+
|
 
|-
 
|-
−
|gatk
+
|
−
|2.6-4
+
|
 
|-
 
|-
−
|gcc
+
|
−
|4.8.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|geneid
+
|
−
|1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|genomer
+
|
−
|0.0.10
+
|
 
|-
 
|-
−
|genometools
+
|
−
|1.5.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|gff
+
|
−
|2.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|glimmer
+
|
−
|3.02
+
|
 
|-
 
|-
−
|gmap
+
|
−
|2011-09-14
+
|
 
|-
 
|-
−
|gmap
+
|
−
|2013-03-31
+
|
 
|-
 
|-
−
|gmes
+
|
−
|v2.3e
+
|
 
|-
 
|-
−
|gnuplot
+
|
−
|4.6.3
+
|
 
|-
 
|-
−
|graphviz
+
|
−
|2.32.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|gsl
+
|
−
|1.16
+
|
 
|-
 
|-
−
|hmmer-mpi
+
|
−
|2.32-MPI-0.92
+
|
 
|-
 
|-
−
|hmmer
+
|
−
|2.3.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|hmmer
+
|
−
|3.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|htseq
+
|
−
|0.5.4
+
|
 
|-
 
|-
−
|icc
+
|
−
|2013.5.192
+
|
 
|-
 
|-
−
|idba-ud
+
|
−
|1.1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|IGV
+
|
−
|2.1.24
+
|
 
|-
 
|-
−
|IGVTools
+
|
−
|2.1.24
+
|
 
|-
 
|-
−
|IMAGE
+
|
−
|2.33
+
|
 
|-
 
|-
−
|ImageMagick
+
|
−
|6.7.8-9
+
|
 
|-
 
|-
−
|infernal
+
|
−
|1.1rc1
+
|
 
|-
 
|-
−
|infernal
+
|
−
|1.1rc2
+
|
 
|-
 
|-
−
|inparanoid
+
|
−
|4.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|iprscan
+
|
−
|4.8
+
|
 
|-
 
|-
−
|iprscan
+
|
−
|5.44
+
|
 
|-
 
|-
−
|iprscan
+
|
−
|5.45
+
|
 
|-
 
|-
−
|java
+
|
−
|1.6.0_41
+
|
 
|-
 
|-
−
|java
+
|
−
|1.7.0_06-i386
+
|
 
|-
 
|-
−
|java
+
|
−
|1.7.0_07
+
|
 
|-
 
|-
−
|jellyfish
+
|
−
|1.1.6
+
|
 
|-
 
|-
−
|jellyfish
+
|
−
|1.1.11
+
|
 
|-
 
|-
−
|khmer
+
|
−
|2013-05-06
+
|
 
|-
 
|-
−
|kmergenie
+
|
−
|1.5854
+
|
 
|-
 
|-
−
|krona
+
|
−
|2.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|lamarc
+
|
−
|2.1.8
+
|
 
|-
 
|-
−
|last
+
|
−
|278
+
|
 
|-
 
|-
−
|lastz
+
|
−
|1.02.00
+
|
 
|-
 
|-
−
|libstree
+
|
−
|0.4.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|LR-TRIRLS
+
|
−
|20060531
+
|
 
|-
 
|-
−
|lua
+
|
−
|5.1.4
+
|
 
|-
 
|-
−
|lua
+
|
−
|5.2.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|MACS
+
|
−
|1.4.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|MACS
+
|
−
|2.0.10
+
|
 
|-
 
|-
−
|mafft
+
|
−
|6.953
+
|
 
|-
 
|-
−
|matlab-runtime
+
|
−
|r2012b
+
|
 
|-
 
|-
−
|matlab
+
|
−
|7.11.0.584
+
|
 
|-
 
|-
−
|mcl
+
|
−
|12-068
+
|
 
|-
 
|-
−
|MEGAN
+
|
−
|4.70.4
+
|
 
|-
 
|-
−
|MEGAN
+
|
−
|5.1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|meme
+
|
−
|4.9.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|MetaGeneMark
+
|
−
|2010
+
|
 
|-
 
|-
−
|metAMOS
+
|
−
|1.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|MetaVelvet
+
|
−
|1.2.02
+
|
 
|-
 
|-
−
|MetaVelvet
+
|
−
|1.2.02-kmer245
+
|
 
|-
 
|-
−
|mfinder
+
|
−
|1.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|mira
+
|
−
|3.2.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|MOCAT
+
|
−
|1.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|ModalClust
+
|
−
|0.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|ModalClust
+
|
−
|0.3
+
|
 
|-
 
|-
−
|mothur
+
|
−
|1.8
+
|
 
|-
 
|-
−
|mothur
+
|
−
|1.28.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|mothur
+
|
−
|1.31.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|mothur
+
|
−
|1.32.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|mothur
+
|
−
|1.32.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|mpich
+
|
−
|3.0.4
+
|
 
|-
 
|-
−
|mpich2
+
|
−
|1.4.1p1
+
|
 
|-
 
|-
−
|mpich2
+
|
−
|1.5
+
|
 
|-
 
|-
−
|msort
+
|
−
|1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|MUMmer
+
|
−
|3.23
+
|
 
|-
 
|-
−
|muscle
+
|
−
|3.8.31
+
|
 
|-
 
|-
−
|novocraft
+
|
−
|2.08
+
|
 
|-
 
|-
−
|novocraft
+
|
−
|2.08.02
+
|
 
|-
 
|-
−
|novocraft
+
|
−
|2.08.03
+
|
 
|-
 
|-
−
|novocraft
+
|
−
|3.00.01
+
|
 
|-
 
|-
−
|novocraft
+
|
−
|3.00.02
+
|
 
|-
 
|-
−
|novocraft
+
|
−
|3.00.05
+
|
 
|-
 
|-
−
|novocraft
+
|
−
|3.02
+
|
 
|-
 
|-
−
|oasas-kmer245
+
|
−
|0.2.8
+
|
 
|-
 
|-
−
|oasas
+
|
−
|0.2.8
+
|
 
|-
 
|-
−
|OLB
+
|
−
|1.9.4
+
|
 
|-
 
|-
−
|openmpi-intel
+
|
−
|1.6.3
+
|
 
|-
 
|-
−
|openmpi
+
|
−
|1.4.3
+
|
 
|-
 
|-
−
|openmpi
+
|
−
|1.6.3
+
|
 
|-
 
|-
−
|orthomcl
+
|
−
|2.0.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|orthomcl
+
|
−
|2.0.7
+
|
 
|-
 
|-
−
|paml
+
|
−
|4.4
+
|
 
|-
 
|-
−
|parallel
+
|
−
|20121122
+
|
 
|-
 
|-
−
|pathway-tools
+
|
−
|16.5
+
|
 
|-
 
|-
−
|PBJelly
+
|
−
|12.9.14
+
|
 
|-
 
|-
−
|peaksplitter
+
|
−
|1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|perfsuite
+
|
−
|1.0.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|perl
+
|
−
|5.16.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|pfamscan
+
|
−
|1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|phred
+
|
−
|0.020425.c
+
|
 
|-
 
|-
−
|phylip
+
|
−
|3.69
+
|
 
|-
 
|-
−
|phymmbl
+
|
−
|4.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|picard-tools
+
|
−
|1.34
+
|
 
|-
 
|-
−
|picard-tools
+
|
−
|1.73
+
|
 
|-
 
|-
−
|picard-tools
+
|
−
|1.90
+
|
 
|-
 
|-
−
|polyphen
+
|
−
|2.2.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|pplacer
+
|
−
|1.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|pplacer
+
|
−
|1.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|prank
+
|
−
|121002
+
|
 
|-
 
|-
−
|prodigal
+
|
−
|2.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|prodigal
+
|
−
|2.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|python
+
|
−
|2.6.6
+
|
 
|-
 
|-
−
|python
+
|
−
|2.7.3(default)
+
|
 
|-
 
|-
−
|python
+
|
−
|2.7.3-sqlite
+
|
 
|-
 
|-
−
|python
+
|
−
|2.7.5-galaxy
+
|
 
|-
 
|-
−
|python
+
|
−
|3.2.3
+
|
 
|-
 
|-
−
|qiime
+
|
−
|1.3.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|qiime
+
|
−
|1.5.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|qiime
+
|
−
|1.6.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|qiime
+
|
−
|1.7.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|quake
+
|
−
|0.3.4
+
|
 
|-
 
|-
−
|quast
+
|
−
|2.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|quest
+
|
−
|alpha
+
|
 
|-
 
|-
−
|quest
+
|
−
|devel
+
|
 
|-
 
|-
−
|R
+
|
−
|2.15.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|R
+
|
−
|2.15.1
+
|
 
|-
 
|-
−
|R
+
|
−
|2.15.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|R
+
|
−
|3.0.0(default)
+
|
 
|-
 
|-
−
|R
+
|
−
|3.0.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|RAxML
+
|
−
|7.3.0
+
|
 
|-
 
|-
−
|ray
+
|
−
|2.20
+
|
 
|-
 
|-
−
|ray
+
|
−
|2.30
+
|
 
|-
 
|-
−
|rdp_classifier
+
|
−
|2.5
+
|
 
|-
 
|-
−
|rdxplorer
+
|
−
|3.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|repeatmasker
+
|
−
|3.28
+
|
 
|-
 
|-
−
|rockhopper
+
|
−
|1.2
+
|
 
|-
 
|-
−
|rsa-tools
+
|
−
|2012-10-09
+
|
 
|-
 
|-
−
|rstudio
+
|
−
|0.97.312
+
|
−
|-
 
−
|ruby
 
−
|1.9.3
 
−
|-
 
−
|samtools
 
−
|0.1.16
 
−
|-
 
−
|samtools
 
−
|0.1.18
 
−
|-
 
−
|samtools
 
−
|0.1.19
 
−
|-
 
−
|sam_comp
 
−
|0.7
 
−
|-
 
−
|SICER
 
−
|1.1
 
−
|-
 
−
|signalp
 
−
|4.1
 
−
|-
 
−
|smrtanalysis
 
−
|1.4.0
 
−
|-
 
−
|smrtanalysis
 
−
|2.0.1
 
−
|-
 
−
|SnpEff
 
−
|3.2
 
−
|-
 
−
|SnpEff
 
−
|3.3e
 
−
|-
 
−
|SOAP2
 
−
|2.2
 
−
|-
 
−
|SOAPdenovo-Trans
 
−
|1.02
 
−
|-
 
−
|SOAPdenovo
 
−
|2.04
 
−
|-
 
−
|SOAPdenovo2
 
−
|r240
 
−
|-
 
−
|SOAPec
 
−
|2.01
 
−
|-
 
−
|SOAPec
 
−
|2.02
 
−
|-
 
−
|SOAPErrorCorrection
 
−
|0.04
 
−
|-
 
−
|SOAPGapCloser
 
−
|1.12
 
−
|-
 
−
|SOAPprepare
 
−
|0.1
 
−
|-
 
−
|speciateit
 
−
|184(default)
 
−
|-
 
−
|speciateit
 
−
|template
 
−
|-
 
−
|speciatetest
 
−
|184
 
−
|-
 
−
|speciate_it
 
−
|184(default)
 
−
|-
 
−
|sratoolkit
 
−
|2.1.16
 
−
|-
 
−
|srna-tools
 
−
|20130118
 
−
|-
 
−
|ssaha2
 
−
|2.5.5
 
−
|-
 
−
|stacks
 
−
|0.9996
 
−
|-
 
−
|stacks
 
−
|0.99994
 
−
|-
 
−
|structure
 
−
|2.3.4
 
−
|-
 
−
|subread
 
−
|3.1.6
 
−
|-
 
−
|supfam
 
−
|1.75
 
−
|-
 
−
|tabix
 
−
|0.2.6
 
−
|-
 
−
|tcoffee
 
−
|10-r1613
 
−
|-
 
−
|tmhmm
 
−
|2.0
 
−
|-
 
−
|tophat
 
−
|1.4.1
 
−
|-
 
−
|tophat2
 
−
|2.0.4
 
−
|-
 
−
|tophat2
 
−
|2.0.5
 
−
|-
 
−
|tophat2
 
−
|2.0.6
 
−
|-
 
−
|tophat2
 
−
|2.0.7
 
−
|-
 
−
|tophat2
 
−
|2.0.8
 
−
|-
 
−
|tophat2
 
−
|2.0.10(default)
 
−
|-
 
−
|treemix
 
−
|1.12
 
−
|-
 
−
|trf
 
−
|4.04
 
−
|-
 
−
|trimmomatic
 
−
|0.22
 
−
|-
 
−
|trimmomatic
 
−
|0.27
 
−
|-
 
−
|trimmomatic
 
−
|0.30
 
−
|-
 
−
|trinityrnaseq-intel
 
−
|r2013-02-25
 
−
|-
 
−
|trinityrnaseq
 
−
|r2012-06-08
 
−
|-
 
−
|trinityrnaseq
 
−
|r2013-02-25
 
−
|-
 
−
|trinityrnaseq
 
−
|r2013-08-14
 
−
|-
 
−
|trinotate
 
−
|trinotate_r20130826
 
−
|-
 
−
|truesight
 
−
|0.06
 
−
|-
 
−
|uchime
 
−
|4.2.40
 
−
|-
 
−
|usearch
 
−
|6.0.307
 
−
|-
 
−
|usearch
 
−
|6.1.544
 
−
|-
 
−
|usearch
 
−
|7.0.959
 
−
|-
 
−
|USeq
 
−
|8.5.1
 
−
|-
 
−
|vcftools
 
−
|0.1.7
 
−
|-
 
−
|vcftools
 
−
|0.1.11
 
−
|-
 
−
|velvet-kmer245
 
−
|1.2.10
 
−
|-
 
−
|velvet
 
−
|1.1.04
 
−
|-
 
−
|velvet
 
−
|1.2.08
 
−
|-
 
−
|velvet
 
−
|1.2.10
 
−
|-
 
−
|velvetOptimiser
 
−
|2.2.5
 
−
|-
 
−
|wessim
 
−
|1.0
 
−
|-
 
−
|wgs
 
−
|7.0
 
−
|-
 
−
|wise
 
−
|2.2.3-rc7
 
 
|}
 
|}

Revision as of 00:17, 16 February 2014

Application Version
Retrieved from "https://help.igb.illinois.edu/index.php?title=Biocluster_Applications&oldid=7490"